På Öland är jordlagren tunna på många ställen. Ute på Alvaret kan det till exempel bara vara ett par centimeter jord innan man kommer ner till berggrunden. Den övre delen av berggrunden består av kalksten, som ofta innehåller sprickor och porer där vatten kan rinna ner och ansamlas.
Brunnens utformning kan påverka vattenkvaliteten. På Öland finns många gamla, inte så djupa, stensatta brunnar som är otäta. Detta betyder att brunnsvattnet får en större påverkan av föroreningar från ytvatten, som till exempel snö och regn. Detta för att avrinningen går snabbare genom det tunna jordlagret som omger brunnen. Det är också vanligt att äldre brunnar är otäta upptill vid locket, vilket gör att ytvatten kan tränga in och förorena brunnen.
Från kalkstenen löses även kalcium ut, vilket gör att vattnets hårdhet ökar. Hårt vatten kan ge tekniska problem med till exempel utfällningar.
Längre ner i berggrunden finns en annan bergart, alunskiffer. Alunskifferlagret är som mäktigast på södra Öland och avtar mot norr. I alunskiffern finns inlagringar av så kallad orsten. Denna innehåller höga halter av organiskt material, och kan ibland ge problem med lukt från svavelväte i djupborrade brunnar.
I byarna på Öland ligger husen tätt och det kan vara korta avstånd till påverkanskällor som till exempel avloppsanläggningar eller gödselstäder. Påverkan från gödsel eller avlopp kan påvisas genom till exempel förhöjda nitrat- och bakteriehalter.